Αντιδρώντας, το υπουργείο Εξωτερικών επιχειρεί τώρα να μεταφέρει το ζήτημα στο "πρόβλημα" της κατάστασης της "τουρκικής μειονότητας" στην Ελλάδα και καλεί την ΕΕ να παρέμβει.
Η Τουρκία ελπίζει ότι η Ευρωπαϊκή Ένωση "θα δείξει τώρα ενδιαφέρον για την κατάσταση της τουρκικής μειονότητας σε χώρες της Ευρώπης", δήλωσε ο εκπρόσωπος του τουρκικού υπουργείου Εξωτερικών Λεβέντ Γκιουμρουκτσού σχολιάζοντας τις επικρίσεις της ΕΕ κατά της κυβέρνησης του κ. Ρετσέπ Ταγίπ Ερντογάν.
Η Κομισιόν σχολιάζοντας την απόφαση της τουρκικής κυβέρνησης για τη Σχολή της Χάλκης τόνισε ότι η Τουρκία οφείλει να εξασφαλίζει την εκπαίδευση των μειονοτήτων της "ως εκδήλωση σεβασμού στα ανθρώπινα δικαιώματα των τούρκων πολιτών και όχι σαν ζήτημα διαβουλεύσεων είτε διμερών σχέσεων".
Σε απάντηση ο εκπρόσωπος του υπουργείου υποστήριξε ότι "είναι τόσο σοβαρά τα προβλήματα τα οποία αντιμετωπίζει η τουρκική μειονότητα στη Δυτική Θράκη, όπως το γεγονός ότι στερείται του δικαιώματος να καθορίζει η ίδια την εθνική της ταυτότητα και να εκλέγει η ίδια τους θρησκευτικούς ηγέτες της όπως και το ότι στους αυτόχθονες στα Δωδεκάνησα δεν τους παραχωρείται ούτε καθεστώς μειονότητας, ώστε θα προκαλέσουν την προσοχή της ΕΕ".