Η ακαδημία των Αργοναυτών τα τελευταία χρόνια έχει καταφέρει να πρωταγωνιστεί σταθερά στη Λήμνο, κατακτώντας τίτλους στις ηλικιακές κατηγορίες Κ14 και Κ13, αλλά και στα ανεπίσημα πρωταθλήματα Κ12 και Κ10. Η συνέπεια, η οργάνωση και η πίστη στο πλάνο των υποδομών έχουν δημιουργήσει ένα ιδιαίτερα ανταγωνιστικό σύνολο, που δεν περιορίζεται μόνο στα όρια του νησιού.
Χαρακτηριστικό είναι πως τα τελευταία χρόνια οι Αργοναύτες έχουν σταθεί με αξιώσεις ακόμη και απέναντι στις παραδοσιακά μεγάλες ακαδημίες της Μυτιλήνης, κοιτάζοντάς τες στα μάτια και καταφέρνοντας σε αρκετές περιπτώσεις να επικρατήσουν σε άτυπους τελικούς σε επίπεδο νομού.
Παράλληλα, αρκετοί ποδοσφαιριστές του συλλόγου στελεχώνουν τις μικτές ομάδες του νομού με πρωταγωνιστικό ρόλο, ενώ οι εμφανίσεις τους έχουν τραβήξει και τα βλέμματα ΠΑΕ της Super League.
Πίσω από τη σταθερή εξέλιξη της ακαδημίας βρίσκεται ο διευθυντής της, Άγγελος Κελάρης, μαζί με τους συνεργάτες του Βασίλη Χατζηιγνατιάδη, Νίκο Ηλιγάκη, Χρήστο Καράγιαννη, Μπάμπη Καρβέλη, Χαράλαμπο Καρβέλη και Γιάννη Γουτζελά.
